Il soggetto gestore dell'Incubatore Innovare in Mugello è la Pianvallico SpA che si è aggiudicata la responsabiltà di dare vita e sviluppare l'Incubatore vincendo una selezione promessa dalla Comunità Montana del Mugello a ottobre del 2008.

La Pianvallico SpA ha quindi definito per la gestione dell'Incubatore una specifica struttura organizzativa così articolata: